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Coronavirus

Coronavirus en Belgique : Omicron désormais majoritaire dans les hospitalisations, et responsable de 93.7% des contaminations

19 janv. 2022 à 05:00Temps de lecture4 min
Par Lavinia Rotili et Adeline Louvigny

Selon le dernier rapport de surveillance génomique du SARS-CoV-2 réalisé par le laboratoire de référence nationale de la KU Leuven et de l’UZ Leuven, dont la RTBF a pu prendre connaissance ce mardi soir, la part d’Omicron est désormais de 93,7% parmi les souches du virus en circulation (analysées après le 10 janvier 2022).

Le rapport détaille également qu'Omicron est devenu, ces dernières semaines, majoritaire au sein des personnes hospitalisées (analyse sur un sous-échantillon de l'ensemble des personnes hospitalisées, du réseau de surveillance de base).

Les auteurs du rapport concluent le taux de positivité très élevé, qui a atteint 34% ce 19 janvier, est symptomatique d'une stratégie ou des capacités de testing inadéquates. Ils suggèrent alors un système inspiré des Anglais, qui peuvent s'auto-déclarer positif au coronavirus sans passer par un test PCR.

Analyse des lignées d’Omicron

Les scientifiques ont analysé plus en profondeur une partie des séquences de SARS-CoV-2 disponibles, et collectées entre le 3 et le 16 janvier, soit 2317 séquences génomiques provenant de tests positifs. Dans cet échantillon, pour 89,1% des souches analysées, il s’agit du variant Omicron : 88,6% correspondent à BA.1 et 1,1% à BA.2, les deux lignées du variant Omicron. La deuxième lignée (BA.2) a la particularité d’être impossible à repérer par un simple test PCR car il lui manque la caractéristique génétique qui sert de signal d’alerte dès le test, avant même le séquençage (un gène manquant), d’où la nécessité d’une analyse approfondie des séquençages disponibles.

Le reste des séquences, soit 10%, représente le variant Delta.

Le constat est donc clair Omicron semble circuler de plus en plus vite : la proportion d’Omicron "est destinée à augmenter en lien avec la diminution de la part de Delta et avec l’augmentation de BA.2, comme déjà observé dans d’autres pays."

Omicron majoritaire dans les hospitalisations

S’il était déjà le variant dominant dans les contaminations en Belgique depuis la Noël, on observe également qu’Omicron est désormais majoritaire au sein des patients hospitalisés, "puisque la lignée d’Omicron BA.1 est actuellement responsable de la grosse majorité des infections parmi les patients hospitalisés", poursuit le rapport. Les graphiques ci-dessous montrent la montée d’Omicron (lignes bleues) dans les patients hospitalisés (sur base d’un sous-échantillon de l’ensemble des patients hospitalisés en Belgique). Sur base de ces données Sciensano, le rapport précise qu’ils ont "connaissance de 107 personnes hospitalisées qui ont été infectées par la lignée BA.1 d’Omicron, dont deux personnes présentaient une vaccination complète".

Proportion (pourcentage) des variants dans les patients hospitalisés contaminés par le covid-19 (sous-échantillon de l’ensemble des hospitalisations en Belgique)
Proportion (pourcentage) des variants dans les patients hospitalisés contaminés par le covid-19 (sous-échantillon de l’ensemble des hospitalisations en Belgique) KU Leuven et UZ Leuven
Proportion (chiffre absolu) des variants dans les patients hospitalisés contaminés par le covid-19 (sous-échantillon de l’ensemble des hospitalisations en Belgique)
Proportion (chiffre absolu) des variants dans les patients hospitalisés contaminés par le covid-19 (sous-échantillon de l’ensemble des hospitalisations en Belgique) UZ Leuven et KU Leuven

Omicron moins présent parmi les cas sévères

Le rapport analyse également plus profondément la situation de 143 patients admis pour une infection au covid à l’Hôpital de l’UZ Leuven, entre le 13 décembre 2021 et le 16 janvier 2022, selon la sévérité des symptômes. "Omicron représente 73% des infections parmi les patients affectés par une infection asymptomatique ou légère", et 20.7% des infections sévères, graves ou mortelles.

Cette analyse menée au fil des semaines (presque un mois) permet également d’observer que les cas d’Omicron ont augmenté durant la seconde moitié de la période analysée, à savoir fin décembre/début janvier. Selon les chercheurs, il s’agit d’une conséquence naturelle de la circulation grandissante du variant Omicron. Parmi les patients qui présentaient une infection sévère (conduisant éventuellement au décès), 20,7% étaient infectés par Omicron.

Ces analyses préliminaires semblent confirmer l’hypothèse qu’Omicron serait associé à une moindre sévérité de la maladie, mais, préviennent les chercheurs "ces observations doivent être confirmées par une analyse comprenant les données d’un plus grand nombre d’hôpitaux, ce qui demanderait une comparaison systématique entre les hôpitaux et le séquençage génomique".

Pour les scientifiques du laboratoire de référence de la KU Leuven, "ces proportions sont également amenées à évoluer et pourraient être différentes dans les régions où la couverture vaccinale est moins grande." Ces données doivent donc être interprétées avec prudence.

Part des variants du covid-19 selon la sévérité des symptômes (sur les 143 patients admis pour covid-19 à l’UZ Leuven entre le 13 décembre et le 16 janvier 2022)
Part des variants du covid-19 selon la sévérité des symptômes (sur les 143 patients admis pour covid-19 à l’UZ Leuven entre le 13 décembre et le 16 janvier 2022) UZ Leuvent et KU Leuven

La stratégie de testing inadéquate

Bon, Omicron se répand vite. Et ça, on le savait. Il augmente également parmi les personnes hospitalisées. Et ça, on vient de l’apprendre. Quoi faire donc maintenant ? Les scientifiques affirment que "le taux de positivité global a atteint des niveaux très élevés (sans précédents) depuis la montée des infections liées à Omicron en Belgique. Un taux de positivité aussi élevé (34% ce 19 janvier) signale une stratégie de testing ou une capacité de testing inadéquates." Avec un point d’attention important : les règles de testing ont récemment évolué et cela pourrait influencer ce taux de positivité.

En effet, le testing des cas de contacts à haut risque a diminué d’un facteur 3,6 entre la dernière semaine de 2021 et la deuxième semaine de 2022. En revanche, le nombre de tests antigéniques positifs a été multiplié, sur la même période, par 2,9. Quant aux tests effectués sur des personnes symptomatiques, leur nombre a augmenté dans la même proportion.

Autodéclarer sa contamination, sans passer par un test PCR ?

Que proposent les scientifiques face à ces données ? "En considérant le taux de positivité très élevé, nous recommandons d’arrêter de confirmer le résultat d’un test antigénique positif via un test PCR et nous demandons aux patients d’autodéclarer leur résultat, comme c’est le cas au Royaume-Uni."

En plus de cela, les experts conseillent de tester de manière différente et de commencer à passer l’écouvillon dans la gorge et dans le nez. Quelques données récoltées suggèrent en effet que cette méthode serait plus intéressante. Le Laboratoire national de référence a en effet comparé le résultat des tests PCR et la charge virale de 264 patients échantillonnés deux fois : écouvillonnage nasopharyngé (celui actuellement recommandé, où l'on prélève dans le pharynx via le nez) et oropharyngé (prélèvement via la gorge). Sur les 80 personnes qui étaient positives, 71 d’entre elles (88.8%) étaient positives aux deux types de test, 6 d’entre elles étaient positives uniquement pour l'oropharyngé, et 3 l’étaient uniquement suite à l'écouvillonnage naso-pharyngé. Des résultats qui poussent les auteurs du rapport à préconiser le double écouvillonnage nez/gorge en cas de test PCR.

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