En 2010, des archéologues du CReA-Patrimoine de l’ULB ont entamé une première étude du bâtiment. L’importance des découvertes a donné lieu à un projet d’analyse du site associant Urban.brussels, l’ULg et l’IRPA. C’est qu’on ne restaure pas un patrimoine si ancien sans savoir exactement à quoi on a affaire. Il ne faut pas commettre d’impair, détruire par inadvertance ou utiliser des techniques et matériaux inappropriés.
Plusieurs études s’étaleront sur dix ans. Stratigraphie, dendrochronologie (soit la datation des éléments en bois) rien n’est oublié pour analyser au mieux le béguinage, et ainsi conserver au mieux les matériaux originaux, mais aussi ceux rajoutés avec le temps, qui font partie de l’histoire du lieu. Dans un tel projet, l’idée n’est jamais de terminer une rénovation avec des bâtiments dans un état impeccable, comme s’ils étaient neufs, mais bien de préserver ce qui existe, en ce compris parfois les imperfections.
Les travaux sont lancés, la commune en est le maitre d'ouvrage, sous les subsides d'Urban.brussels, et avec le concours du bureau d'étude Arter. Un tel chantier n’est pas à la portée de tous les corps de métier. Il a fallu sélectionner des entrepreneurs spécialisés dans la restauration du patrimoine, ainsi que des professionnels sélectionnés pour leur expérience en matière de bâtiments anciens. Même chose pour les matériaux à utiliser, qui ont dû être validés par la Direction du Patrimoine culturel d’Urban.brussels, avant de pouvoir être utilisés, chaque enduit a été testé au préalable pour voir s’il convenait aux enduits déjà présents. Ainsi, on évite les incidents malheureux : un matériau inadapté qui ne tiendrait pas assez longtemps, ou pire, qui endommagerait les matériaux historiques.