La taille du "stock" de missions indicatives par rapport à la capacité de contrôle varie aussi fortement entre les Régions : les centres PME wallons reçoivent moins de missions indicatives par rapport à leurs capacités de contrôle, tandis que les centres PME de Bruxelles en reçoivent beaucoup. "La Cour des comptes constate donc que la capacité de contrôle n’est pas répartie selon les risques fiscaux et ne permet pas une couverture identique de ceux-ci sur l’ensemble du territoire", ajoute-t-elle. Le rapport épingle aussi une égalité de traitement insuffisante dans la mise en œuvre des contrôles. L’examen d’un échantillon de contrôles fiscaux a mis en évidence diverses anomalies (non-respect des procédures, manque d’exhaustivité des dossiers, erreurs dans les montants ou heures encodés, etc.) et un manque d’encadrement et d’harmonisation de la politique de sanction. Certains services proposent d’abandonner, en cas de conclusion d’un accord, les accroissements d’impôt normalement appliqués, note la Cour. Ces pratiques ne sont pas harmonisées et, en l’absence de séparation entre fonctions de contrôle et de conclusion d’accord, donnent un large pouvoir discrétionnaire aux contrôleurs.