Ces singes imposants et majestueux font partie des espèces d’animaux sauvages menacées, notamment par la déforestation qui a déjà détruit en grande partie leur habitat au profit de plantations d’huile de palme et de bois, ainsi que de sites miniers. L’arrivée de la nouvelle capitale, et de tout ce qui l’accompagne, attise les craintes des défenseurs de cette espèce emblématique de Bornéo. Et elle risque d’affecter également d’autres espèces déjà en voie de disparition telles que le singe à long nez, les dauphins d’Irrawaddy et le vulnérable ours malais de Bornéo. Le groupe environnemental local "Pokja Pesisir" estime d’ailleurs que 400 hectares de forêts de mangroves ont déjà été défrichés le long de la baie de Balikpapan pour faire place nette à un port de charbon mais aussi à des raffineries de pétrole et de gaz.
Pourtant, les autorités se veulent rassurantes : la nouvelle capitale sera une véritable ville du futur, intelligente et verte, approvisionnée entièrement par des énergies renouvelables. La protection de la faune et le reboisement de grandes parties du projet font aussi partie de leurs priorités. Kisar Odom, le directeur du Centre Sanctuaire des orangs-outans d’Arsari, espère sincèrement que le gouvernement tiendra ses promesses :
À mon avis, la ville verte qui deviendra la capitale sera placée dans une zone forestière de plantation industrielle, de sorte qu’ils ne défrichent pas de nouvelles terres. On espère qu’en ne défrichant pas de nouvelles terres, cela évitera les conflits avec les animaux, par exemple avec d’autres animaux que les orangs-outans, peut-être qu’il y a des ours, des oiseaux et toutes sortes d’animaux.