Sur le plan géopolitique, le pays est d’abord pris en flagrant délit de mensonge : "Nous n’avons rien à voir là-dedans" tente dans un premier temps de se défendre l’ambassadeur américain à l’assemblée générale des Nations-Unies. Mais l’évidence de l’implication était telle que le président Kennedy assumera très vite publiquement la responsabilité de l’échec. Un échec qui était aussi une incroyable humiliation pour l’Amérique.
De plus, cet assaut raté jette définitivement Cuba dans les bras de l’Union soviétique, trop heureuse d’appuyer économiquement et militairement un pays qui va ainsi narguer la toute-puissante Amérique à moins de 200 kilomètres de ses côtes.
Sur le plan intérieur, il y aura aussi des conséquences marquantes parce que cet échec est d’abord celui de la CIA. Furieux de s’être laissé entraîner dans un tel fiasco, Kennedy aurait déclaré être tenté, "de répandre les cendres de la CIA aux quatre vents". Il va seulement se contenter de limoger son directeur et son adjoint, mais la méfiance était installée durablement envers la célèbre agence de renseignement. Ce n’est donc pas surprenant si certains ont vu l’ombre de la CIA lors de l’assassinat du président deux ans plus tard, même si cela n’a jamais été démontré.
L’échec de la baie des cochons eut également une autre conséquence : un courant radical au sein de l’armée américaine en a conclu que pour mener une opération à l’étranger, il ne faut pas déléguer cela à autrui, ici en l’occurrence les Cubains anti-castristes. Il faut au contraire y aller soi-même et s’engager totalement. C’est ce courant qui entraînera les États-Unis dans l’engrenage fatal de la guerre du Vietnam qui fut un second échec, sans doute encore plus retentissant.