Parmi les autres hypothèses autour de la mort de Mozart, on retrouve la piste des francs-maçons qui auraient supprimé le compositeur parce qu’il aurait révélé les secrets de l’initiation dans son opéra de La Flûte enchantée. Il n’en est rien, sans quoi toutes les personnes qui ont participé à la création de l’opéra auraient été victimes du même sort.
Par contre, à la fin de sa vie, Mozart lui-même pensait avoir été empoisonné, il nommait même le poison qu’on lui aurait fait absorber à son insu, l’Acqua Tofana, une sorte d’arsenic qui agit lentement lorsqu’il est administré à petites doses et ce poison affaiblit la victime jusqu’au décès.
Son épouse, Constance, a elle aussi véhiculé l’hypothèse de l’empoisonnement de son mari, plus de quarante ans après le décès de ce dernier. D’après les témoignages, le corps de Mozart avait enflé après sa mort et c’est ce qui avait fait penser à un empoisonnement. Et si empoisonnement il y a, ce n’est pas les faits d’un meurtrier mais plutôt des conséquences médicales des nombreuses maladies contractées par Mozart qui ont abouti à une septicémie. Il souffrait également d’insuffisance rénale chronique, ce qui entraîne des états dépressifs comme la paranoïa.
D’ailleurs, Niemetschek, l’un des premiers biographes de Mozart, raconte que lorsque le compositeur écrivait son Requiem, il disait ceci : "J’écris ce Requiem pour moi, je ne le sens que trop, je n’en ai plus pour longtemps. On m’a empoisonné, c’est certain. On ne peut pas me libérer de cette idée."
