A l’épidémie s’ajoute l’exaspération du conflit entre communautés linguistiques, orchestrée par une presse très en verve. Pour beaucoup vaccinés, les anglophones jugent les francophones de la Ville "sales, ignorants et superstitieux" et, surtout, responsables de la propagation de la maladie.
La colère gronde face aux mesures sanitaires qui font exploser les tensions sociales qui couvaient jusqu’ici. Les agents sanitaires sont attaqués et, dans les quartiers plus pauvres, on refuse de voir ses enfants emmenés et sa maison marquée comme "infectée".
La violence atteint son apogée le 28 septembre 1885, lorsque les cloches de Notre-Dame appellent au groupement de la police pour disperser la foule.
Deux mille émeutiers sillonnent les rues, fracassant sur leur passage les vitres de plusieurs pharmacies qui vendent des vaccins. Un groupe saccage une maison qu’ils pensent être celle du dr. Emmanuel Persillier-Lachapelle, un des artisans de la fondation de la Faculté de médecine de l’Université Laval à Montréal (1879), puis de l’Hôpital Notre-Dame (1880).
Vers l’est de la ville, plusieurs antivaccins tentent de mettre le feu au bureau du Conseil de la santé, jetant les affiches utilisées pour placarder les logements infectés. Vers une heure du matin le 29 septembre, les derniers émeutiers se dispersent.