Les phages, ces virus tireurs d’élite contre les bactéries résistantes

À l’hôpital militaire Reine Astrid, cela fait une vingtaine d’années que l’équipe travaille sur ces phages. Aujourd’hui, le Docteur Jean-Paul Pirnay n’en est plus au stade de la recherche ou de la production : 120 patients de différents hôpitaux ont déjà pu bénéficier d’un traitement à base de ces virus mangeurs de bactéries.

Dans les cas désespérés, il y a eu une amélioration de l’état clinique dans environ 70% des cas.

"Quand on utilise des phages, ce sont toujours des cas, disons, désespérés", explique Jean-Paul Pirnay, directeur du laboratoire de technologie moléculaire et cellulaire de l’hôpital Reine Astrid. "Et dans ces cas, il y a eu une amélioration de l’état clinique dans environ 70% des cas et une éradication de la bactérie qui causait l’infection dans environ 50% des cas."

Le Docteur Pirnay expose ce bilan du traitement par phages sur 100 premiers patients devant un parterre d’hommes et femmes en uniforme. Ce sont des membres de délégations de composantes médicales d’armées étrangères, venus assister au 44e Congrès du Comité international de Médecine militaire, à Bruxelles.

Les questions fusent, car beaucoup découvrent une spécificité belge : chez nous, ces phages sont considérés comme des préparations magistrales, et ne doivent donc pas faire l’objet d’une longue et compliquée procédure d’autorisation de mise sur le marché.

Le cadre juridique est très ouvert pour l’utilisation de ces bactériophages, ces virus super-assistants dans la lutte contre les infections, lorsque celles-ci résistent aux antibiotiques. Quand l’antibio ne compte plus que pour zéro, les phages seraient-ils Zorro ?

Un cas clinique marquant, c’est celui de l’enfant d’à peine un an, traité par phages par l’équipe d’infectiologie pédiatrique du professeur Dimitri Van der Linden, aux Cliniques universitaires Saint-Luc et l’hôpital militaire Reine Astrid. Il devrait faire l’objet d’une prochaine publication scientifique.

"Il avait fait une infection multirésistante après une transplantation de foie ", raconte le Dr Jean-Paul Pirnay. "Il y avait un rejet du foie. Cet enfant ne pouvait pas être transplanté avec un nouveau foie parce qu’il y avait vraiment une infection. On a utilisé des phages et on a réussi à contrôler cette infection. L’enfant a reçu un nouveau foie. On l’a revu il y a un an et il était en parfaite condition."

Plus ancien, mais publié en 2022 dans Nature, le traitement par phages d’une patiente polytraumatisée, victime des attentats du 22 mars 2016 à Bruxelles. Après deux années d’antibiotiques pour tenter d’éliminer une infection à bactéries multirésistantes (Klebsiella pneumoniae), la jeune femme a reçu des phages identifiés comme pouvant potentiellement attaquer la bactérie. Une combinaison d’antibiotiques et de ces phages lui a permis de venir à bout de cette bactérie.

Les phages disposent d’un système de crochets qui leur permet de venir s’accrocher à la bactérie, de lui injecter son ADN et ensuite de le multiplier, jusqu’à ce que la bactérie n’éclate sous la pression. Ils présentent aussi l’avantage de ne pas engendrer d’effets indésirables et ne tuent pas non plus la flore intestinale.

Une arme de précision, comparée à l’artillerie lourde que sont les toujours indispensables antibiotiques. Ils présentent aussi la particularité de pouvoir évoluer avec la bactérie : si celle-ci change, le phage évoluera également pour l’attaquer. Il y a une interaction entre les deux.

L’hôpital militaire a acquis une expertise dans la production de ces phages, qui peuvent, ensuite, comme toute préparation magistrale, être réalisés sous différentes formes (nébulisation, injection…).

À chaque type de bactérie, son type de phage : le laboratoire produit aujourd’hui 25 phages et 6 "cocktails de phages" différents, pour cibler différents types de bactéries.

L’équipe de l’hôpital Reine Astrid collabore avec The Eliava Institute à Tbilissi (Géorgie), qui s’intéresse aux phages depuis déjà 1923. L’hôpital militaire travaille également avec de nombreux hôpitaux belges, dont l’UZ Leuven et l’UGent.

Les phages ont beau être de vrais snipers contre les bactéries, ils n’en sont pas pour autant des superhéros. Jean-Pierre Pirnay préconise l’utilisation de phages en combinaison avec les antibiotiques, et non pas de façon isolée.

La logistique et le transport international de phages sont de vrais défis. Dans le futur, l’ambition est de réaliser la production de phages synthétiques directement sur site, dans les hôpitaux, mais aussi de les répertorier dans une banque de données qui, associée à l’intelligence artificielle et un algorithme, permettrait de faire une prédiction, avec une marge d’erreur assez basse, sur le type de phages à associer à telle ou telle bactérie, pour en venir à bout.