C'est l'autre grande catégorie de vaccins, lorsqu'il n'est pas possible d'atténuer la virulence d'un virus.
L'agent pathogène est alors inactivé de façon chimique ou par la chaleur. S'il perd sa capacité à déclencher une infection, il reste capable de provoquer une réponse du système immunitaire. Parmi eux, le vaccin contre l'encéphalite japonaise, la grippe ou le tétanos... Dans d'autres cas, seule une petite partie de l'agent infectieux est utilisée.
D'autres techniques novatrices (ARN messager, vecteur viral...) sont en cours de développement, notamment contre le virus Covid-19.