Dans sa musique, Josquin poursuit la tradition franco-flamande dans la lignée de Guillaume Dufay, un célèbre compositeur d’Europe du XVe siècle. Dufay était très estimé des rois Charles VII et Louis XI mais surtout des ducs de Bourgogne, Dufay marque le début de l’école franco-flamande, dont le rayonnement perdure jusqu’à la fin du XVIe siècle.
Josquin Desprez est un inventeur, un expérimentateur. Il fait usage de plusieurs techniques dans tous les types de messes, le cantus firmus, la parodie. Il fait aussi une utilisation abondante du canon et de l’imitation. Il est aussi l’auteur de nombreux motets. Il se prend d’affection pour ce genre et il y expérimente encore davantage ses recherches.
A cette époque, Baltasar Castiglione, qui appréciait beaucoup d’art du chant écrit à propos du chanteur Antoine Colebault : "Sa manière de chanter est si pleine d’art, si prompte, véhémente, excitante, si riche en mélodies différentes, que les esprits de celui qui l’entend sont tous émus et s’enflamment, et ainsi ravis semblent s’élever jusqu’au ciel."
Comme l’écrit Philippe Canguilhem, la fin du 15e siècle représente un point de bascule dans l’histoire de la musique occidentale. Pour la première fois, des musiciens sont recherchés non pas pour leur talent de chanteur ou d’instrumentistes mais pour leurs facultés à inventer des morceaux de musique. Ils étaient copiés dans des manuscrits avant d’être joués. A cette époque, on commence à les désigner avec le terme de compositeurs. Et à considérer la composition musicale comme une véritable création artistique.
L’activité de Josquin Desprez est connue à partir de son séjour en Italie, où il est chanteur à la cathédrale de Milan de 1459 à 1472. Il entre en 1474 au service du duc Galeazzo Maria Sforza comme chantre d’église. Josquin Desprez passera presque 20 ans en Italie.
Dans ses œuvres, il cherche le meilleur moyen de mettre le texte en valeur. Josquin fait plusieurs voyages à Rome. De 1489 à 1495, il est membre du chœur papal. Il a peut-être fait l’objet d’un échange de chanteurs avec un certain Gaspar van Weerbeke qui est parti à Milan en même temps. Il se pourrait qu’il ait lui-même gravé dans le mur de la chapelle Sixtine le "JOSQUINJ" qui a été récemment découvert par des ouvriers qui restauraient la chapelle. Il était habituel que les chanteurs gravent leur nom sur les murs. Des centaines de noms y ont été inscrits entre les XVe et XVIIIe. Si c’est bien lui qui signe ce graffiti, il s’agit du seul autographe qui nous soit parvenu.
On a retrouvé un échange de lettres entre la Maison Gonzague et la famille Sforza, et on pense que Josquin Desprez est retourné au service des Sforza autour de 1498. Il n’est sans doute pas resté longtemps à Milan, puisque l’année suivante, Louis XII envahissait le Nord de l’Italie et emprisonnait les anciens employeurs de Josquin. Il est peut-être revenu en France à cette époque.
Josquin était un chercheur infatigable. Il aimait varier les styles ? Il écrivait parfois dans un style austère dénué de toute ornementation et il composait d’autres fois une musique qui demandait une virtuosité considérable. Il avait aussi beaucoup d’esprit. Glaréan écrivait en 1547 que Josquin n’était pas seulement un virtuose magnifique mais qu’il était aussi capable de "moqueries" en utilisant la satire de manière très efficace. C’est sans doute avant de quitter l’Italie qu’il a écrit l’une de ses compositions de musique profane les plus célèbres, El Grillo.